民國38年（1949），中國因「國共內戰」而處於分裂狀態，全國體協會隨政府撤退遷臺。遷臺後，會務停頓近兩年。
由於理事長王正廷先生未赴臺灣，由江蘇籍的郝更生總幹事（後於民國64年10月出車禍，民國65年初傷重不治）代理事長職務，等同兼任中國奧林匹克委員會主席。
同年10月26日，中共政權在大陸北京召開了全國體育工作者代表大會，團中央書記馮文彬當選為主任，榮高棠是副主任兼秘書長。
此後，中共在仿效我方全國體協會組織架構下，成立民間運動團體「中華全國體育總會」（All-China Sports Federation，簡稱ACSF，即「全國體總」）。自此，全國體總對外代表大陸地區的國家奧委會。
民國40年（1951），我方全國體協會初致函國際奧委會表示：「中國奧委會26位委員中，已有19位隨政府遷移到臺灣。」要求將代表中國奧委會的「中華全國體育協進會」會址自南京遷至臺北，國際奧委會當時同意了我方意見，會籍名稱為「Chinese Olympic Committee，National Amateur Athletic Federation」。
民國41年（1952）的第15屆夏奧（英語：the Games of the XV Olympiad，法語：les Jeux de la XVe Olympiade，芬蘭語：XV Olympiakisat），即將在芬蘭首都赫爾辛基舉行。
同年2月5日，大陸全國體總致電國際奧會秘書處，通知繼續參加國際奧林匹克運動大會的組織並參加第15屆夏奧。
2月13日，中共中央人民政府外交部派出盛之白和謝啟美抵達挪威的奧斯陸，準備參加國際奧林匹克委員會第46次全體會議，未果。
6月，大陸全國體總在北京舉行成立大會。6月16日，國際奧會主席西格弗里德·埃德斯特隆（Sigfried Edstrom）發表公告稱，由於國際奧會希望在次年（即民國42年，1953年）解決中國問題，現在中國的兩個組織：臺灣的一個和大陸的一個，皆不得參加赫爾辛基奧運會。
6月17日，埃德斯特隆電復大陸全國體總，稱其尚未被國際奧林匹克委員會所承認，中國運動員不得參加赫爾辛基奧林匹克運動會。該公告遭到兩岸的強烈反對。
同年間，大陸全國體總在蘇聯協助下向「國際田徑聯合會」及「國際籃球聯合會」繳交會費，要求替代我方全國體協會而被承認為中國奧會。
民國43年（1954）在希臘雅典舉行的國際奧會第49次全會上，大陸全國體總作為中共政權的代表在國際奧會中的席位得到承認，同時繼續承認代表我方的全國體協會。
會中以23票比21票通過承認兩個中國奧會，是年9月出刊的奧林匹克公報曾出現兩個中國會籍的記載，分別是我方中華民國的「Chinese Olympic Committee，National Amateur Athletic Federation」、大陸中共政權的「Comite' Olympique de la Re'pu'lique Chinoise」。
中共在第16屆奧運會（英語：the Games of the XVI Olympiad，法語：les Jeux de la XVIe Olympiade，瑞典語：XVI Olympiaden）前不允許我方使用國旗、國歌、國號參加奧運，但墨爾本奧運在選手村仍升起中華民國國旗，此舉激怒北京當局。
民國45年（1956）1月，大陸全國體總發表聲明：強烈抗議國際奧委會「分裂中國」的做法，並宣布大陸隊拒絕參加第16屆夏奧。
同年6月，浙江籍的國防會議秘書長周至柔先生（後於民國75年逝世），接任全國體協會理事長，兼任中國奧會主席。
9月14日，由中央委員會副秘書長鄧傳楷先生任第16屆夏奧中國代表團團長。我方此次以「福爾摩沙—中國」（Formosa-China）的名義參賽。
10月18日，鄧傳楷先生率團於飛抵澳洲墨爾本，29日抵達雪梨世運會新村，參加11月22日至12月8日期間的夏奧，這是奧運首次在歐美以外的其他洲舉行，也是首次在南半球舉行。
我方於第16屆夏奧派出21名男運動員，參加了田徑、舉重、射擊、籃球、拳擊項目的比賽，未得獎牌。
民國46年（1957）12月，鄧傳楷先生繼周至柔先生擔任中華全國體育協進會理事長、中國奧林匹克委員會主席。
民國47年（1958）8月19日，由於中共方面對國際奧會承認代表我方中華民國的全國體協會的不滿，大陸全國體總宣布與國際奧會斷絕關係，單方面面宣佈退出國際奧會、國際田徑聯合會、國際游泳聯合會、國際足球聯合會、國際籃球聯合會、國際舉重聯合會、國際角力聯合會、亞洲桌球總會等八個國際運動組織，以致遭到國際體壇除名的命運。
國際奧會於同年9月5日曾以第125號函通告所有單位：「中華人民共和國（中共政權自稱）奧會退出奧林匹克活動，國際奧會不再承認中華人民共和國奧會。」
民國49年（1960）2月18日至28日的第八屆冬奧（英語：the VIII Olympic Winter Games，法語：les VIIIes Jeux olympiques d'hiver）在美國加州的斯闊谷（Squaw Valley）舉行。
我方雖獲美國支持，但是因需先申請加入「國際滑雪總會」和「國際滑冰總會為會員」，又受政治影響未能及時獲准，致未能正式參加比賽。所幸任中國代表團團長的鄧傳楷先生仍得以率團觀摩，為中國在冬奧會上出現開了先河。
同年8月25日至9月11日，第17屆夏奧（英語：the Games of the XVII Olympiad，法語：les Jeux de la XVIIe Olympiade，義大利語：i Giochi della XVII Olimpiade）在義大利羅馬舉行。
該屆奧運會因國際奧運會硬性規定我方必須以「台灣」或「褔爾摩莎」名稱參加，所以我方代表團於開幕典禮持「抗議下」英文字樣白布出場。
即使如此，我方仍以「台灣」（FORMOSA）的名義參賽，派出了47名運動員，參加了田徑、足球、籃球、遊泳、拳擊、射擊等7個大項的比賽。
在第17屆夏奧當中，我方臺東馬蘭部落阿美族出身的田徑選手楊傳廣先生（Maysang Kalimud，後於民國96年病逝於美國加州）在十項全能獲得銀牌，一時震驚世界體壇。
楊傳廣先生與上屆夏奧銀牌得主拉福·強森（又譯「拉斐爾·詹森」，Rafer Johnson）一同競爭，雖然有七個項目領先強森，不過在鉛球一項中落後太多，最後仍以58分的些微差距敗北，由強森奪金，他自己則獲得銀牌。
但楊傳廣先生所得的這枚獎牌是中國有史（自民國21年首次參加奧運）以來獲得的第一枚奧運獎牌，也是本屆奧運會上亞洲運動員獲得的唯一一枚田徑獎牌。
109.09.09 《運動筆記》亞洲鐵人楊傳廣 台灣史上奧運獎牌得主
民國50年（1961）2月，四川籍的高級將領楊森先生繼任全國體協會理事長、中國奧委會主席。
由於楊先生當時是中華全國射擊委員會主任委員，因此全國體協會得以搬到在臺北市水源路新店溪畔的全國射擊委員會辦公。
民國51年（1962）全國體協會為了集訓以參加第四屆亞洲運動會，楊先生曾洽借臺灣大學體育館辦公。但後來印尼阻止我方及以色列參加，致未能赴會。
全國體協會之後又遷回水源路。後來臺北市政府推行防洪計畫工程，要建設堤防，全國射擊委員會樓房在堤防外，只好拆除。
民國53年（1964）日本東京的第九屆夏奧會（日語：1964年夏季オリンピック／1964ねんかきオリンピック；英語：1964 Summer Olympics）即將舉行。
楊森先生尋找固定的辦公處所以便利照顧參賽的選手，最後台北美國學校將舊校舍借給使用，全國體協會於同年8月16日遷入，至此終於有固定會址。楊先生整頓會所後將沒有會所的運動委員會遷入。
由於原址土地屬於國有財產局，同年租約到期後變成了違章建築，至此面臨搬遷問題。
楊森先生希望能有適合場地搬遷，或是直接將該地買下，但皆未果。而後辦公室發生火災，將體協會辦公室、陳列室及許多寶貴的資料燒毀。
10月10日至10月24日，第九屆夏奧正式舉行。我方以「台灣」（TAIWAN）的名義參賽，派出了80人的代表團，其中運動員55名，參加了田徑（6人），籃球（12人）、舉重（7人）、自行車（5人）、拳擊（7人）、柔道（4人）、射擊（6人）、體操（8人）8個項目的比賽。
該屆奧會結束後，我方代表團準備返回臺北的前兩天，遼北籍的射擊隊隊員馬晴山透過東京華僑總會尋求「政治庇護」，之後返回中國大陸的家鄉（後加入中共射擊代表隊）。
另外，體育考察團攝影人員陳覺亦失蹤，至蘇聯駐日大使館尋求庇護，也要求前往大陸，但我方代表團則懷疑他是遭到日本極道綁架或是遭中共情報人員設計。
民國54年（1965）9月底至10月初，「艾爾西」（Elsie）與「芙勞西」（Flossie）颱風分別來襲，把全國體協會辦公室的屋項吹垮，到處漏水。
後來在經過工商界人士捐款之下，依照政府規定，違章建築不可以加大的原則下，改建成平頂房屋，繼續辦公。
艾爾西、芙勞西 颱風成災(影片來源／張哲生)
民國57年（1968）10月12日至27日，第19屆夏奧（英語：the Games of the XIX Olympiad，法語：les Jeux de la XIXe Olympiade，西班牙語：los Juegos de la XIX Olimpiada）於墨西哥的墨西哥城舉行。
我方繼續以「台灣」（TAIWAN）的名義參賽，派出了43名運動員（其中女子8人），參加了田徑（11人）、拳擊（3人）、體操 （4人）、自行車（5人）、射擊（8人）、遊泳（4人）、帆船（3人）、舉重（5人）8個大項的比賽。
比賽過程中，我方出身新竹道卡斯族與客家人混血的紀政女士在80公尺跨欄，以十秒四打破紀錄，獲得銅牌，是繼楊傳廣先生之後的中華民國第二面奧運獎牌，更是臺灣女性運動員首度在奧運獲得獎牌，也是東亞女運動員中第一位獲此殊榮者。
民國60年（1971）10月25日，聯合國大會通過《第2758號決議》，我方隨之宣佈退出聯合國，中共政權取代我方原有的中國代表席次。自此，中華民國體育組織參與國際活動的處境更形艱難。
民國61年（1972）8月26日至9月11日，第20屆夏奧（英語：the Games of the XX Olympiad，法語：les Jeux de la XXe Olympiade，德語：die Spiele der XX. Olympiade）於西德慕尼黑舉行。
該屆奧運會一度因為巴勒斯坦黑色九月（منظمة أيلول الأسود ）分子闖入進行恐怖攻擊而中斷，但暫停34小時後恢復。史稱「慕尼黑慘案」（Geiselnahme von München或Massaker von München）。
我方在第20屆夏奧以正式國號「中華民國」出賽，也是我方目前最後一次成功以國號、國旗、國歌參加奧運。我方代表團由紀政女士身穿旗袍，手持中華民國國旗參加開幕典禮（但她本人因受傷而未參加此次比賽）。
民國62年（1973）6月，四川籍的海軍上將黎玉璽先生（於民國92年病逝）接任中華奧會主席，但上任不到1個月就卸任，是中華奧會史上任期最短的主席。7月17日，我方政府有鑒於國際局勢的變化，為維護各種國際運動組織會籍，以保有合法地位，並推展奧運，遂推動代表中國奧委會的實體組織「全國體協會」的全面改組：分拆為「中華奧林匹克委員會」及「中華民國體育協進會」。
我方遷臺後的第五位中華奧會主席，亦史上任期最短的主席：黎玉璽
（未完待續，中華奧林匹克委員會【中國奧委會時期】）
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