民國26年（1937）抗戰爆發，全國體協會亦隨政府西遷重慶，幾年來體育協會沒有實際負責人，會務停頓。
民國27年（1938）國際奧委會第38屆全會於埃及開羅召開，我國代表在會上抗議日本發動侵華戰爭，破壞世界和平，要求取消其東京、札幌1940年夏季、冬季奧運會主辦權。
日本則宣稱保證如期舉行奧運。國際奧委會對此採取了觀望態度，但隨後的國際奧委會執委會秘密會議決定，將芬蘭赫爾辛基和挪威奧斯陸做為夏、冬季奧運會候補地。
後來日本奧委會在軍方壓力下，宣布日本為了紀念神武紀元2600年，要在1940年舉行大規模的軍事演習而無法舉行奧運會。隨後，國際奧委會決定將夏季奧運會會址改在赫爾辛基，會期定在1940年7月20日至8月4日。
民國28年（1939），國際奧委會第39屆全會於英國倫敦召開，行政院院長孔祥熙先生（後於民國56年逝世於美國紐約）當選為國際奧委會中華民國委員。後來1940年（民國29年）、1944年（民國33年）奧運因「第二次世界大戰」的緣故停辦。
民國30年（1941），全國體協會在重慶夫子池新運模範區135號恢復辦公，並於5月向社會部備案，批准為社會團體。
（未完待續，中華全國體育協進會【南京時期】）